本学は筑波研究学園都市の中心部に位置しています。そのため、多くの研究機関との交流が多く、共同研究、合同ゼミなどが盛んに行われています。交流の深い研究機関には、独立行政法人産業技術総合研究所、独立行政法人物質・材料研究機構、高エネルギー加速器研究機構、筑波宇宙センターなどがあります。さらに、近隣にある日本原子力研究所(東海および那珂研究所)との交流も活発に行われています。また民間研究機関の筑波研究学園都市への進出が著しく、それらとの研究交流も活発に行われています。
◆つくばイノベーションアリーナ（TIA）
◆筑波大学・KEK連携事業
数理物質科学研究科では、上に示した研究機関との交流をもう一歩進めて、これらの研究機関の研究者を併任教員として招へいする連携体制(連携大学院方式)をとっています。この制度により、学生は学外のこれらの研究機関で研究を行うことにより学位を取得することも可能です。
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